但在另一方面，北洋军阀也有着自己的困难，虽然他们继承了许多来自清政府的“优良资产”。但他们还是不可避免缺乏关键一环：中央权威认同。尤其是在辛亥革命之后，共和、民主等概念深入人心，世界大势已然改变。北洋军阀能坐上中央政府的宝座，但却无法像以前的清政府一样自动获得别人对自己中央的权威认同。很多时候，他们不得不在缺乏中央权威的情况下，履行着中央政府的职责。这种困境，伴随着整个北洋政府统治时期，不断削弱他们的统治，耗散他们的实力。在袁世凯当政时，北洋政府还能凭借他个人的权威和谋略，勉强代表中央政府维持统一局面。但一旦当他利令智昏地复辟称帝，给予了别人足够的大义名分之时，整个局面就在瞬间土崩瓦解。甚至连北洋军阀自身，也只能在分裂和混战中走向末路。从这个角度来说，一部北洋军阀集团的统治史，也正是一部中国旧秩序旧体系回光返照、最终耗散的历史。
不够完美的中央：袁记北洋政府成立
1912年3月10日，在经过长期的磋商、阴谋和谈判之后，袁世凯终于如愿以偿，在北京的石大人胡同原清政府外务公署就任中华民国临时大总统，开始了北洋政府的统治。但摆在他面前，是一个远比他曾效忠的晚清还要糟糕、还要软弱的中央政府：在南方各省，有着大量他压根控制不了的军队，掌握在革命中推选出来的都督手中；而南京还有一个参议院，掌握了部分立法权和行政权；就在他就职的次日，孙中山还在南京公布了《临时约法》，对大总统的权力做了大量的限制，才在4月1日卸任。对于这种事实上割据和掣肘，袁世凯完全有理由暗中不爽。作为一名曾经的前清政府高级官员，他清楚地记得朝廷中央的威严：即便清朝已经衰弱得不成话，依然可以用一纸诏书，就把手握兵权的他直接赶回老家。同样是国家的最高元首，为什么他现在就得面临这种困境呢？所以，在袁世凯看来，不管是为了维护自己的统治也好，还是维护整个北洋集团的利益也好，削平地方割据，建立一个他理解中的有能力的中央政府，是最迫在眉睫的任务。
辛亥革命之后，全中国共有30多个师又50余旅，军队总兵力约120万人。在这些军队之中，袁世凯赖以生存的本钱——嫡系的北洋军虽然占了一半，但主要是分布在长江以北的直隶、山东、安徽（部分）等地，整个长江以南的江苏、安徽（部分）、浙江、福建、广东等地的十几万军队，还在革命党人的控制下，此外还有一些独立的地方势力，如广西一地就有旧军3.7万余及2000新军。作为一个靠军队起家的人，袁世凯对军队割据状况最为在意。但显然，要想武力将这些割据的军事力量直接消灭也很难做到，他必须充分利用手中的中央大义名分。
削弱地方军事：北洋政府全国整军
在辛亥革命之后，南方各省自行推选的都督掌握本省军政大权，并不接受中央任命。江苏、辽宁，湖北、浙江等地方的部分陆军师也在其掌控之中，之外还有张勋等人控制的定武军、安武军、毅军等派系，和北洋系颇有渊源。袁世凯勉强在军事形成了对全国的控制。
1913年1月8日，北洋政府又颁布了《现行都督府组织令》，在法理上对地方上的军事机关做出了规定， 明确各省陆军由都督统帅，而一些较为特别的地区则设置护军使。其作用有二：一是直属中央，代中央管理当地省份；另外一种是在已有军政长官的省份设置，起到分化和重点控制的作用。此外还有镇守使和特别都统署的设置，镇守使一般由师、旅长担任，负责一些重镇的绥靖工作。
无法贯彻的权威：地方和北洋政府中央的对抗
虽然，袁世凯以中央的身份发布了一系列命令。但可想而知，这些意图削弱地方政权实力的举措，理所当然地会引起极大反弹。在1912年四五月间，袁世凯先后召开多次军事会议要求裁减地方军队。但在具体裁军方案上，代表北洋政府制定裁军方案的段祺瑞，居然不敢硬性要求各省裁减，只能建议以各省以辛亥前清政府规定的原有军饷兵额为限。此时北洋政府对地方不敢轻易下手，可见一斑。
不过，由于袁世凯控制了中央财政，虽然不敢明目张胆地电令各地裁军，但是可以通过不拨发军费的方式逼迫各省军队自行瓦解。辛亥革命之后，曾积极参与革命的南方各省都不同程度地发生了财政危机，最终不得不响应袁世凯的号召，自行解散和裁遣军队。在黄兴的主持之下，江苏原有的5个军被裁减了2/3，仅剩不足4万人；广东裁掉11万；湖南原有5个师又2旅，被裁得只剩两个旅。而在首义的湖北省，原有的8个师也被裁掉了3个。
在这次大裁军之中，江西的李烈钧是公开唱反调的，按北洋政府陆军部的要求，赣军定额是1师1旅，但是在李烈钧的运作下，不仅没有裁减，反而通过整军扩编为两个师，由于李烈钧事事都与北洋唱反调，不仅扩军，还公开反对袁世凯提出的“军民分治”方案。搞得袁世凯十分恼火。但更让袁世凯愤怒的，是他发现自己完全奈何不得李烈钧：他暗中企图策划江西兵变将其赶下台，结果被识破；为了削弱其实力，以中央政府的名义扣押江西采购的日本军火，结果又招来日本抗议，也只能不了了之；北洋政府以中央名义委派的江西民政长，也因江西军队的抵制而未能到任。昔日间他在各种势力之间纵横捭阖，以对抗来自清政府中央压力的伎俩，现在等他坐到中央宝座之上时，却被别人有样学样地拿来对付自己，这怎不会让他窝火？相比较起来，北洋势力一时难以达到的福建、贵州和广西等偏远省份，只是象征性地裁去一些部队，简直都不算什么事情了。
背负中央之名的代价：有名无实的善后大借款
在1913年之前，袁世凯都还勉强装扮出一个共和者的假象，只是在《临时约法》的限制下暗中加强自己的独裁统治，但是这年年初的国会选举中，国民党大获全胜。宋教仁已经开始计划组织责任内阁行使权力。对一个其实打心眼里无法理解共和，前半辈子都在封建权力斗争中讨生活的旧官僚来说，袁世凯是无法容忍任何人来跟自己分权的。要么武力决一高下，要么就服从自己，这种权力斗争的想法在他脑海中根深蒂固。对来他说，内阁就应该只是北洋军阀的承办机构，根本不可能有什么实际用处。像宋教仁这样无兵无权，靠着耍耍嘴皮，玩玩过家家的选举，就立马一步登天地成为朝堂重臣，还要用内阁来限制和分享他的权力？简直笑话！恐怕也正是在这个时候，他下定了决心，要以武力彻底让南方革命党人闭嘴了。3月22日，宋教仁遇刺，全国舆论大哗。袁世凯在掩饰不成功之后，索性直接露出本来面孔，叫嚣要用武力对付。只是这时北洋政府遇到了一个无法解决的难题：那就是整个中央财政早就已经崩溃，国库中早已没钱支持这次用兵了。
比起清政府来，北洋政府控制的地盘已经缩小了近一大半，而他们需要养活的北洋军却只多不少。当袁世凯还只是一个地方性军阀的时候，他可以只管一亩三分地。但是当他成为中央政府的首脑，这副财政重担就压在了他头上。但他其实同样也没有什么更好的解决方法，只能向五国银行团（英汇丰、法东方汇理、德德华、日横滨正金、俄华俄道胜银行）协商总额达2500万英镑的借款。
为了尽快讨伐反对派实现统一，袁世凯不得不吞下这记毒药丸。善后大借款虽然数目很大，但是到手却少得可怜。五国银行在扣除了正常的利息和发行折扣之外，还光明正大地扣除此前西方国家给予中国的各项垫款和借款共计600万英镑，更坑爹的是，就连以前各省单独向这五国银行所借的款项，以及辛亥革命中各国损失的款项，也从这笔借款中给扣除了。五国银行团的理由很充分：你袁世凯的北洋政府不是代表中国的中央政府么？那就要担负起中央政府的责任。
这个善后大借款，让背负中央的名义、却无中央实质的袁世凯付出了极大的代价。首先是经济上的得不偿失，这笔借款实际到手只有40%，在清还外债、裁遣军队、整理盐务之后，也就可供北洋政府应付6个月开支而已，而最后本息却要偿还6785万英镑。除了在经济上饮鸩止渴之外，更重要的是在大义名分上的损失：由于善后大借款的三项担保分别为中国盐务收入、关税中除应付款项之外的余款和直、鲁、豫、苏四省所指定的中央税款，使得列强势力得以染指中国经济重要命脉——盐税。因此，当条款披露之后，许多人不得不承认，就出卖国家权益而言，其实袁世凯的北洋政府，和以前的清政府并无差别。
善后大借款很大程度上反映了袁氏北洋政府的一个问题，在和列强交往时，这些列强虽然支持袁世凯成为中国的主人，但与之相对的，他们要求袁世凯为中国发生的一切负责——实际上他根本做不到这点。南方一些桀骜不驯的省份，私自和列强勾结或者进行利益交换，袁氏北洋政府对此无能为力，却又要在名义和责任上对此负责。这种有名无实的哑巴亏，极大损害了他们的实力。因此，北洋政府也才会打落牙和血吞，宁愿背上巨额债务也要先收拾那些不听话的省份，用武力实现全国统一了。
镇压二次革命：袁记北洋政府最后的辉煌
善后大借款和更早些时候的宋教仁遇刺案，已经使激进的革命党人认识到袁世凯的真面目，下定决心以武力决裂。1913年4月到5月间，孙中山在上海两次秘密召开军事会议，讨论用武力讨伐袁世凯的问题。根据这次会议的要求，革命党人在军事上做了相应的准备，安徽和江西的军队做了部署和调动。
也就在同时，袁世凯在4月30日和5月6日在中南海秘密召开军事会议，确定对革命党人用兵的总战略。重点目标为屡屡和北洋中央作对的江西、江苏、安徽和湖南四省。在北洋军方的计划中，他们将利用自己控制的京汉和津浦铁路集结，在湖北建立总策源地，并调动海军沿岸策应，阻挠革命军集中。作为一个脆弱的中央，虽然北洋政府能力比清王朝已经有明显的下降，但好歹还是胜于一摊散沙般的南方革命党人势力。即便是这个事事掣肘、样样有人不服的中央，还是能通过许多正面和侧面的手段占据一定的道德优势，比如，在袁世凯表示此次作战并非针对国民党，而是仅仅讨伐不服从中央的黄兴、李烈钧之后，不少国民党议员甚至认同或者默许北洋政府的军事行动，其中最离谱的就是国民党支部长吴景濂，居然公开登报声明开除黄兴、李烈钧的国民党党籍！
1913年6月，袁世凯正式以中央政府的名义下令撤免江西的李烈钧、广东的胡汉民和安徽的柏文蔚的都督职务。战争很快于7月12日在江西湖口打响，而李烈钧也于同日宣布江西独立，15日，黄兴和程德全在南京宣布江苏独立，随后安徽、广东、福建、湖南、四川等省也宣布独立。但是齐心协力的北洋政府很快就镇压了莫衷一是的革命势力，从7月12日在江西湖口开战到9月1日北洋军攻占南京，前后两月之间，北洋军就大获全胜，达到了出兵的目的。在革命党人看来，这是武力倒袁的“二次革命”；而在北洋政府看来，这是统一政令，消灭割据的“赣宁之役”。而安徽和广东两省则发生兵变，驱逐了胡汉民、陈炯明和柏文蔚；其他各省也陆续宣布取消独立，服从中央政府。经此一役后，北洋政府终于控制了长江流域，内地省份中，只有广西、贵州、云南和四川四省因为都督不是国民党系，且北洋政府急于消化已有成果，一直抽调不出兵力而暂且没有下手而已。
虽然北洋政府通过武力基本上消灭了反对势力，但是随着军事深入进行，下面的大小头目拥兵自重的倾向也隐隐显现了出来。在战争中，袁世凯先后任命段芝贵为陆军第一军长兼江西宣抚使，张勋为江北镇抚使、冯国璋为江淮宣抚使，在实际上授予了这些北洋大将地方军政大权。在战后为了酬功，也是为弹压监视地方，这些北洋大将都纷纷在当地留任。
烈火烹油，内囊耗尽：走向巅峰的袁氏政权
在赣宁之役中大获全胜的袁世凯，此时已经成为名副其实的中国第一人。在心满意得地结束了军事行动之后，袁世凯将重点转向了政治。首先，他需要将自己的头衔“临时大总统”中的“临时”二字去掉，成为中华民国的正式大总统，获得大义名分；其次，由于《临时约法》还在法理上对他的权力有很大限制，他需要搞一套名至实归，授予他全权的新约；最后，顺带手地彻底消灭作为反对势力的国民党，搞一个对自己言听计从的政党上来。由于袁世凯已经完全压服反对势力，也迅速得到了西方列强的普遍承认。修改约法赋予他永久总统地位和全权，解散国会和取缔国民党也是毫无波澜地一一得以实现。然而在这种事业如烈火烹油繁华景象的背后，却是危机四伏。为了应对这些潜在威胁，袁世凯其实也是将内囊耗尽，能利用资本全用上，方能勉强支撑而已。
最大问题就是麾下坐大。赣宁之役后，为了维护北洋系的统治，袁世凯不得不将诸多北洋大员，如冯国璋外放到原来北洋势力所不及的省份，以控制掌握新地盘。但这些大员到了地方之后，手头有权有枪有地盘，也就逐渐心眼活泛，不是那么听招呼了。袁世凯本想以战争结束地方藩镇割据局面，但是战后又不得不用北洋自己的藩镇去绥靖地方，一来一去，他自己的统治权威提高有限。而即便是在北京他的眼皮子底下，长期负责军队具体事务的二号人物段祺瑞，也逐步形成了自己的势力，让袁世凯不得不有所防范。
为了重新控制自己手下的那些骄兵悍将，袁世凯进行了政府改组，设立了“陆海军大元帅统率办事处”作为全国最高军事机关，取代了陆军部和参谋本部。袁世凯本人亲自主管，段祺瑞（陆军总长）、刘冠雄（海军总长）、萨镇冰（海军司令）、陈宧（参谋次长）及王士珍和荫昌出任幕僚，实质上剥夺了这些北洋大佬的军权。另一方面，为了培育新的嫡系，1914年10月，袁世凯在北京亲任第一期“模范团”团长，又开始重新编练军队，计划通过“模范团”每期培训两个师的军官，结业之后派往自己的嫡系部队任职，从而达到控制分布地方的北洋军的作用。已经贵为大总统的袁世凯不惜屈尊再为冯妇，时隔多年之后重操小站旧业，此事说来还真是凄凉：北洋军阀的总头目，已经快指挥不动自己的老队伍了，不得不采取掺沙子和培养新人的手法来维持自己的控制力。
称帝复辟：袁世凯倒行逆施
对于已经做到民国大总统的袁世凯来说，为什么非要称帝复辟，这是个一直很让人费解的问题。但是对袁世凯来说也自有苦衷。作为一个中央政府的首脑，他对统一的尝试就是用嫡系的武力打服各省，然后在全国建立自己北洋集团的统治。但是当他真正打服全国之后，他又发现自己的北洋嫡系也在坐大，并不是那么可靠了。作为中央政府，自己终究缺乏清政府那种不容置疑的名义，所以对地方拥兵自重局面实在束手无措。作为一个旧官僚出身的人，袁世凯对民主政治完全没有认识，能设想的最好方案就是当皇帝，用封建君臣大义名分来约束地方上的野心家，使其不敢轻举妄动。在这种思维模式作祟之下，加上有些人，如大儿子袁克定、英国驻华公使朱尔典别有用心的怂恿，一向精明的袁世凯也开始头脑发热，积极准备称帝了。
在将国民党镇压下去之后，国内再无牵制袁世凯的势力存在；而1914、1915年前后，北洋政府的财政也渐有起色，库存现洋700多万元；加上此时已经控制了除川、滇、黔、粤之外的大多数内地省份（四川随后也被北洋系控制）。政、财、军的实力足够充分，局面让袁世凯觉得似乎可以尝试一下。不过就在他已经开始密谋复辟之时， 1915年6月间，北洋系大将冯国璋进京晋见，问袁世凯“外间有传闻说要你当皇帝？”面对自己心腹，袁世凯义正词严地加以否认，还假惺惺地对冯国璋说：“华甫（冯国璋字），你我是自家人，我的心事不妨向你说明。我现在的地位已经和皇帝有何区别？……（称帝）无非为儿孙计耳！但我大儿有残疾，二儿想做名士，三儿不达时务……岂能托付天下之重？”
作为北洋系元老之一，冯国璋和段祺瑞一直隐隐有继承袁世凯的野心，此时冯向袁世凯问起称帝问题，自然也暗含深意。而袁世凯也多少明白手下这些心腹大将的算盘，明白自己尚能豢养这些鹰犬，但是他们不会服从自己儿子，所以干脆就把话柄全给堵死，姑且在眼下先打消他们的疑虑再说。只是不知后来袁世凯称帝之时，冯国璋又是做何感想了。
对于徐世昌、冯国璋、段祺瑞等北洋系大佬来说，他们是打心眼里不愿意袁世凯称帝的。这些已经拥有一定资历和权势的实力派，在现有国体之下，有望继袁世凯之后也过过总统瘾。可是一旦袁世凯称帝，他们就得给老爷子打一辈子长工后，还得继续给他啥事儿不懂的儿子卖命，这是几位北洋大佬无论如何接受不了的。真正对袁世凯称帝表现积极的，反而是一些北洋中层军人，如段芝贵、倪嗣冲这种已经获得一省地盘的人物。由于实力不足，他们从不妄想有机会问鼎宝座，所以退而求其次希望保住自己手头的一亩三分地。他们认为共和或帝制都无所谓，而且一旦袁世凯登基，肯定还要依靠重用他们这批中层去稳定局势。因此，他们上蹿下跳，又是发起十四省将军联名通电（广东龙济光、湖北王占元、陕西陆建章、河南赵倜、陕西阎锡山、云南唐继尧、浙江朱瑞、湖南汤芗铭、江西李纯、安徽倪嗣冲、山东靳云鹏、四川陈宧、吉林孟恩远、黑龙江朱庆澜）拥护袁世凯称帝，又是威胁恐吓，声称谁要敢出来反对，他们就要“问其罪”。这批人的态度，不仅对南方残余的革命势力是一种威慑，更重要的是，袁世凯需要利用这帮人钳制和压服徐、段、冯等这些北洋大佬。
护国战争：袁氏北洋的末日
1915年12月12日，做足了民意闹剧的袁世凯，在仅仅辞让了一次之后，正式承认皇帝地位，称帝复辟。这种赤裸裸倒行逆施，严重地侮辱了辛亥革命，理所当然地激起了所有革命者反抗和声讨。中华革命党、国民党、进步党和北洋系势力范围外的西南军人，虽各有诉求，但在反袁护国的旗帜之下，还是站到了一起，公开和袁世凯决裂。于12月25日，蔡锷将军在云南宣布独立，发动了著名的护国战争。此时，袁世凯还对帝制尚有信心，因为这时各地的北洋系军阀，还向他献忠心，四川陈宧、陕西陆建章以及段芝贵都表示，愿意率部出征，而这些将袁世凯置于炉火上的通电，更是让他觉得事情或尚有可为。
但这只是表面现象而已，袁世凯逆潮流而动的复辟行径，其实早就将他最后一点声望和权威折腾没了，人心民望离他而去。甚至就连自己家里人，也对他的复辟举动深表反感。袁世凯称帝之后的这年除夕，在“太子”克定的主张下，在家里搞了一个仪式，由家人向袁世凯磕头称贺，以示“君臣之分”，需要袁世凯的正室于夫人带领家人一起磕头。等把于老太太请到内宅，向她说明此事之后，哪知道老太太直接拒绝说：“教我领头磕头我不能磕，我给他生儿养女还要给他磕头，他养了多少小婆子又给谁磕过头。我活白了头发，又出皇上啦！”说完就拂袖而去，其他的家人也跟着一哄而散。称帝的画皮被老太太一句“活久见”给戳破，搞得袁世凯完全下不来台，最后只能不了了之。就连自己家关起门来都做不成皇帝，袁世凯还要强迫天下人对其俯首称臣，这又怎么可能！随着前线战事不利，袁世凯的处境也日渐艰难了起来。
当袁世凯企图自立为帝的时候，对于段祺瑞和冯国璋这种不热心的北洋大佬密为设防，大加猜忌。不仅对在北京的段祺瑞秘密进行监视，还频繁调动军队，以防两人内外有所勾结。逼得段祺瑞在袁世凯称帝前后闭门谢客，不问外事。而等到袁世凯称帝吃瘪之后，不得不请其出山收拾残局时，则立刻遭到了段祺瑞的暗中拆台报复：段祺瑞一方面授意讨伐滇军的心腹张敬尧停滞不前，另一方面又唆使自己人陈树藩驱逐忠于袁世凯的将军陆建章，使得袁世凯腹背受敌，而曾被袁世凯忽悠过的冯国璋，则在外勾结湖北的王占元和江西的李纯，共同对袁世凯施加压力。原本在打天下时还能团结一致对外的北洋系，等到天下打得差不多，大家各有一摊势力的时候，也开始在内部搞起一些团团伙伙。形成了一种派中有派，千奇百怪的局面。
在这种内外离心的情况下，袁世凯自然也没有办法在军事上取得进展了。当各地的实力派看到北洋军不能一举取胜时，心眼也开始活泛起来。广西的陆荣廷首先于3月15日宣布独立，加入了护国军的阵营。此后不久，广东（4月6日）、浙江（4月12日）也宣布独立，洪宪复辟的失败已经是不可避免。冯国璋更是暗中活动，与5月18日召集了一些尚未独立的省份在南京召开大会。之后，5月22日和29日，最受袁世凯倚重信任的陈宧和汤芗铭，也分别宣布四川和湖南独立。受此重大打击，仅仅十几天后的6月6日，袁世凯就又羞又恼地病死。随着他一命呜呼，北洋军阀这个强大的军事集团，也就从暗中斗争走向正式分裂了，再也没有实力组织起能号令全国的政府了。
