据记载，就在俄军船“米哈伊尔号”和“色楞号”遭遇清军堵截的第二天，即1900年7月14日午后，数百名俄军驾小船多艘，从俄方一侧入江，装作戏水，朝中方一侧慢慢靠拢。中方江岸守军发现后，报告统领崇昆山。崇昆山遂命清军开火，伴随着密集的步枪射击声，驾着小船的俄军士兵纷纷坠江，他们死伤过半，侥幸活着的，则掉头逃回。
很快，俄国军船便重新驶入黑龙江，用舰炮向中方一侧猛攻，俄方江岸阵地的连环炮，也向瑷珲的清军阵地齐发。中方随即开炮回击，一时间，中俄双方江岸，炮声震天动地，烈火四起，硝烟弥漫。中俄炮战延宕多个时辰，直打到夕阳西下，方偃旗息鼓。事后，俄国指责中方炮击海兰泡，蓄意武装挑衅。俄方的意图是为进一步扩张和制造军事摩擦找借口。
从1858年中俄签署《瑷珲条约》直到1900年，海兰泡城里一半以上的居民依旧是华人。他们生性老实，甚至怯懦，做事安分守己，成为海兰泡发展的基石。但俄国警察局接到举报，说有中国人前来海兰泡谋生，打黑工者不在少数，另有一些中国人在海兰泡附近狩猎和淘金，也未注册。这使得俄方感觉当地华人不好管理。更有甚者，有些华人在海兰泡贩卖鸦片，走私人参，捞取利润。阿穆尔总督格里勃斯基觉得可以抓住这些事情，拿居住在海兰泡的华人开刀，达到报复中国的目的。
不过，还没等到他下手，1900年6月底至7月初，就有两万多华人因为中俄关系紧张，离开了居住了一辈子的海兰泡，从东南方的精奇里江地区，返回到黑龙江中国一侧。俄方沿江百余多公里的原华人居住区，变成了真空地段，常有清军和义和团潜入活动，令格里勃斯基惴惴不安，更想彻底整肃和驱逐海兰泡的华人。
1900年7月，由于黑龙江对岸的俄军大规模征兵，清军也发出征兵动员令，大规模征兵。截至7月15日，海兰泡80%以上的华人回撤瑷珲城，落脚在瑷珲副都统官邸及其附近。俄国探子侦察后，返回报告阿穆尔当局说，回撤的华人相当一部分人成为清军兵源，或者加入了义和团。
中俄两方力量对比发生改变，使俄方感到恐惧。不久，当地哥萨克部队开赴伯力，拟入侵哈尔滨，实施所谓剿匪护路，海兰泡城里兵力不足一千人。剩余部队，一来人数少于清军，二来武器火力弱，真打起来，明显不占优势。
俄方哥萨克军队总指挥格罗杰科夫恰在这时下令展开对华军事行动。他主张以突袭的方式，一举歼灭对岸的清军，恢复俄军在精奇里江地区的绝对地位。7月13日晚，俄方佩琴金上校奉命，率领阿穆尔哥萨克骑兵团一队渡江进攻瑷珲城。
7月14日中午，佩琴金所部在“米哈伊尔号”和“色楞号”两艘军船火力的掩护下发起进攻。战斗进行中，阿穆尔总督格里勃斯基少将也来了，他立足未稳，就有哥萨克跑来报告，说两岸甫一交火，海兰泡城里便乱做一团，局面可能失控。格里勃斯基听罢，赶忙命佩琴金所部收兵回城，仅留下维尔托普拉霍夫少尉率25个士兵把守哨卡，应对清军。
当格里勃斯基率兵返回海兰泡，发现城里情况比报告的还要糟糕，市内人心惶惶，谣言四起，传中国将发4000名义和团和清军组成的联合部队，即将登陆海兰泡屠城。海兰泡城内有人扬言，趁清军未到，先把未走的中国人抓起来做人质，或者干脆斩首示众。更多的市民正带着大包小包逃往乡下，还有一伙俄国人抢劫了数家武器商店，扛着刀枪边跑边喊，要武装自卫。
格里勃斯基回到海兰泡之后，即命守军加强防御。他还在全城招募志愿者，同时密令警察在全城搜捕华人，将他们囚禁在精奇里江边的木材厂。格里勃斯基还往精奇里江地区，派遣了两个分队的哥萨克军人。隔一天，他又将临时组建的志愿者和民兵分队300人，派往该地。后来者武器良莠不齐，有的持有步枪，有的扛着猎枪就来参战了。
7月14日，即中俄开始隔江枪炮对射的第二天，格里勃斯基口授密令，指使俄国警察逮捕和关押华人，接着便开始驱逐和杀戮。笔者在此前《海兰泡惨案》一文中已有详尽描写，此不赘述。史实证明，清军并未登陆海兰泡屠城，倒是沙俄先杀害了几千名海兰泡华人原住民。
海兰泡惨案的内情相当复杂，被俄国人驱赶投江的华人是事件发生时滞留在海兰泡城里的最后一批华人，由于他们与海兰泡的俄国移民关系密切，因此，他们也害怕回到江对岸的中国一侧，受到义和团的打压。但是，格里勃斯基的一纸命令，他们都被关押起来，而且毫无反抗。因为，直到那时，他们还梦想可以回到城里，继续过他们原来的好日子。殊不知，战争已将他们卷入万劫不复的深渊。
最终，直到将他们押解到黑龙江江边，俄国人开始驱赶他们跳江，同伴已经中枪或者溺水的时，他们才如梦方醒。俄国历史学家郭鲁勃佐夫，在采访了海兰泡惨案的目击者后说，就在哥萨克将海兰泡的华人驱赶入江的时候，清军一直隔江朝俄方射击，仅有十几名华人勉强游到了对岸，却又遭到岸上义和团及清军的毒打。总之，海兰泡惨案尚有太多隐情和细节，仍然淹没在历史的尘埃之下，等待后人揭开真相。
7月16日，海兰泡城内的俄国百姓，为数千名死难的华人举行了葬礼，抬着花圈和举着蜡烛的送葬队伍逶迤地走过市内主要街道。1902年2月21日，阿穆尔军区军事法庭，对直接指挥驱逐和屠杀海兰泡华人的俄军上校沃尔克文斯基判处开除军籍、取缔退休金和帝俄军服待遇，仅此而已。
